西藏先民认为，天珠是神创造的超自然之物，是自然生成的或天降下来的，如果有谁说天珠是"天人合一"的工艺品，会遭到他们强烈的反对。问许多藏族群众天珠来自哪里，他们讲述着同一个古老的神话:在古代，天珠是神仙佩戴的装饰物，每当珠子破损或稍有损坏，神仙就把他们抛洒下生物的化石，与鹦鹉螺、三叶虫处于同一时代。在喜马拉雅定日一带、藏北无人区化石山上都有人曾捡到过海螺化石天珠。老百姓的故事则说:曾经有一个人在高山之巅见到这样一只虫子，他用帽子扑它并将它罩住。当他挪开帽子时，虫已经石化了，成了一粒天珠。R.内贝斯基-沃科维茨博士在其《西藏的史前珠子》一文中讲述西藏西部阿里地区的一个传说。人们认为，天珠起源于茹多克附近的一座山上，遇上大雨天珠如溪流般地沿余坡泻而下。然而，有一天，一个巫婆用"邪恶的目光"盯着那座山，于是天珠马上停止流淌。直至今日，在天珠不断流出的地方还可以看到颇具特色、眼睛纹路的天然天珠。

归类起来天珠来源的传说有十几种:

1.天珠是古生物化石，喜马拉雅山滚落的螺化石，这种远古海螺化石在滚落中得见天日来到人间。
2.天珠是沉积在地下神灵的眼睛。
3.天珠是由外太空掉落的陨石制成。
4.天珠是成串像蛇一样的生物死后所诞生。
5.天珠在田野间捡获或在牛羊群的排泄物中发现。
6.天珠是干僵的虫尸体，是昆虫的化石，或是大鹏金翅鸟结晶的化石。
7.天珠是会飞、会跑、会爬动的虫类。
8.天珠可在西藏的天珠草原捕捉。
9.天珠是阿修罗制造的武器，用以对付帝释天(婆罗门与佛教中的最高统治者)。
10.天珠是天神的珍贵饰物。
11.发现天珠穴或天珠巢而获得天珠。
12.阿里天珠泉流出的天珠。
13.智尊金刚亥母降下法宝天珠，拯救藏区灾民脱离苦难，消除病灾。
14.文珠菩萨的前身撒下的天宝。
15.天珠是大食国(即波斯)国库里的宝石之一。
16.天珠是玛瑙国的宝物。
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